
Фигурант уголовного дела о даче взятки в особо крупном размере (ч. 5 ст. 291 УК РФ).
В 1982 году окончил Московский институт нефтехимической и газовой промышленности имени Губкина по специальности «прикладная математика».
С 1982 года по 1990 год — системный программист, позднее — инженер-начальник отдела Центральной геофизической экспедиции Миннефтегазпрома СССР.
В 1990–1992 годах — коммерческий директор СП «Интермикро».
В 1992 году основал компанию «Информационные бизнес-системы» (впоследствии IBS), ориентированную на автоматизацию банковской деятельности.
С 1992 по 1997 годы занимал пост исполнительного директора IBS, а в 1997–2012 годах возглавлял компанию в качестве генерального директора. С 2007 года также исполнял обязанности председателя правления.
В апреле 2020 года покинул IBS и вышел из состава совета директоров.
В мае 2020 года основал IT-холдинг «ГС?Инвест», в который вошли созданные им ранее компании: «Рубитех», БФТ, Arenadata и другие.
В 2020–2022 годах входил в советы директоров Альфа-банка и ПАО «Вымпелком». На 2022 год состояние Сергея Мацоцкого оценивалось в 14,5 миллиардов рублей.
В июле 2025 года Мацоцкий стал фигурантом уголовного дела о даче взятки в особо крупном размере (ч. 5 ст. 291 УК РФ). Ему инкриминировали дачу взятки в 250 миллионов рублей руководителям ФКУ «Налог-сервис» — Роману Филимошину и Дмитрию Шалаеву. Басманный райсуд Москвы заочно арестовал бизнесмена и отправил его в СИЗО.